第一，法律風險，前面已經詳細論述了由于鄉(xiāng)產權房的特殊法律屬性，使得鄉(xiāng)產權房的流通轉讓存在很多的限制，因為鄉(xiāng)產權房只具備了普通商品房的使用性質，但不具備普通商品房的法律性質，其并不是商品房。所以，法律法規(guī)對商品房的相關規(guī)定和制度對鄉(xiāng)產權房是無效的，人民法院也不能適用商品房買賣的法律規(guī)定及司法解釋處理涉及鄉(xiāng)產權房的案件，購房人的權益很難得到維護。
同時，由于購買鄉(xiāng)產權房的合同是無效的，因此根據(jù)法律規(guī)定購房人只能要求開發(fā)商退還購房款并按銀行同期貸款利率支付利息等。但是根據(jù)目前已有的案例來看如果購房人明知所購房屋是鄉(xiāng)產權房仍然購買的，由于己方有過錯，可能人民法院就不會支持其要求賠償損失的請求。而且即使開發(fā)商違約，由于合同無效，購買人的權利將無法得到保障。由于鄉(xiāng)產權房不受法律認可，也不用在房管部門備案，不在政府機構監(jiān)管范圍內，因此在使用房屋的過程中，如果遇到一些房屋質量問題、公共設施維護問題，其救濟途徑就非常有限。
第二，政策風險，在購買的是在建鄉(xiāng)產權房，購房人與開發(fā)商簽訂合同并交付房款后，如果相關部門整頓鄉(xiāng)產權房的建設項目，可能就會導致部分項目停建甚至被強迫拆除。那么結果只能是購房人找開發(fā)商索要購房款，購房人就可能面臨既無法取得房屋，又不能及時索回房款的尷尬境地。另外，購房后如果遇到國家征地拆遷，由于鄉(xiāng)產權房沒有國家認可的合法產權，購房人并非合法的產權人，所以其很可能無法得到對產權進行的拆遷補償，而作為實際使用人所得到的拆遷補償與產權補償相比是微乎其微的。
第三，目前，鄉(xiāng)產權房屋的開發(fā)建設還沒有明確的規(guī)定加以約束，開發(fā)建設的監(jiān)管同樣存在缺位。而鄉(xiāng)產權房屋的開發(fā)得不到銀行貸款支持，開發(fā)過程中其大量的開發(fā)資金沒有政府和銀行進行監(jiān)管，主要依靠開發(fā)商自律進行開發(fā)建設，一旦開發(fā)單位的資金或其它環(huán)節(jié)出現(xiàn)問題，極有可能變成爛尾工程。如果是將購房資金預交給沒有任何資質和監(jiān)管的開發(fā)單位，對購房者而言，資金的安全，開發(fā)商資金是否按時到位，是否能夠按質按時的交付房屋存在著很大的風險。同時，開發(fā)單位的資質沒有，房屋質量和房屋售后保修難以保證。而且，入住后的物業(yè)管理也極易出現(xiàn)問題。
第四，由于所購鄉(xiāng)產權房得不到法律的認可和保護，沒有得到國家房地產主管部門的批準，無法辦理合法的產權手續(xù)，購買后也不能合法轉讓過戶。同時對房屋的保值和升值也有很大影響。
