《城市房地產權屬登記管理辦法》第2條規定，本辦法適用于城市規劃區國有土地范圍內的房屋權屬登記。目前有關農村集體土地房屋產權產籍管理的法律、法規缺乏，房屋管理依據不足。自1995年1月1日實施《中華人民共和國城市房地產管理法》以來，國家建設部先后頒布了《城市房屋權屬登記管理辦法》、《城市房地產轉讓管理辦法》、《城市房屋租賃管理辦法》、《城市房地產抵押管理辦法》等規定，為加強城市房地產管理提供了可*的依據。然而，到目前為止，國家還沒有針對農村集體土地上的房屋權屬登記有明確的規定，農民的利益無法保障。農村房屋產權產籍管理機構不健全，出現了非房產管理部門發產權證現象。現有農村集體土地房屋持有的房屋權屬登記證，有的是鄉、村辦理的宅基地證，有的是轄區政府辦理的房產證等，多家發證和越權發證現象，造成農村房屋產權管理混亂，資料不全，房屋來源不清，而且所發證件記載的建筑面積與實際面積嚴重不符。在實踐中，非房產管理部門頒發的有關房產證件，只要產權人向鄉鎮政府提供村上證明就可以領取宅基地證，而村上的證明則只要農民向村委會提出申請或要求即可。調查、測量、核算等程序則減之又減，致使證上面積與實際不符。
《土地管理法》第63條規定，農民集體所有的土地使用權不得出讓、轉讓或者出租用于非農業建設。《城市房地產管理法》第8條規定，城市規劃區內的集體土地，經依法征用轉為國有土地后，該國有土地的使用權方可有償出讓。《國務院辦公廳關于加強土地轉讓管理嚴禁炒賣土地的通知》(國辦發[1999]39號)規定，農民的住宅不得向城市居民出售，也不得批準城市居民占用農民集體土地建宅，有關部門不得為違法建造和購買的住長放土地證和房地產證。由此可見，農村集體土地上的房地產不得進入交易市場。農村房屋的買賣，只能在本農村集體內部進行，否則買賣行為違法，合約無效。
雖然目前關于農村房地產權屬登記的法律規定不完善也不健全，但是應該進一步明確房地產行政管理部門是登記發放房屋產權證書的唯一部門。《中華人民共和國城市房地產管理法》規定，由縣級以上地方人民政府房產管理部門核實并頒發房屋所有權證;國務院《村莊和集鎮規劃建設管理條例》第28條規定，縣級以上人民政府建設主管部門，應當加強對村莊、集鎮房屋的產權產籍管理，依法保護房屋所有權人對房屋的所有權。建設部《城市房屋權屬登記管理辦法》第8條規定，直轄市、市、縣人民政府房地產行政主管部門負責本行政區域內的房屋權屬登記管理工作。雖然國家建設部有關文件多次強調一個市、縣只能由一個房屋管理部門頒發房屋權屬證書，但其他部門或企業頒發非全國統一權屬證書現象仍有發生，必須統一一管理，建立健全農村鄉鎮房屋產權產籍管理機構，保障農村產權管理工作的順利開展。
